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(一)指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持贯彻落实科学发展观，继续紧紧围绕劳动保障中心工作，以提高劳动保障科技创新能力为核心，进一步整合全国劳动保障科技力量，优化科技资源配置，深化管理体制改革和运行机制创新，围绕促进城乡统筹就业、完善社会保障体系、发展和谐劳动关系与规范收入分配秩序三大主题，加强战略性、综合性、基础性和应用性研究，支撑和引领劳动保障事业全面、协调、可持续发展。
(二)总体目标(2006-2020年)
根据劳动和社会保障事业发展总体目标，即“社会就业更加充分、覆盖城乡居民的社会保障体系基本建立，人人享有基本生活保障、合理有序的收入分配格局基本形成、劳动关系和谐稳定、管理服务规范高效”，劳动保障科技工作要继续坚持围绕劳动保障中心工作开展科学研究和技术开发，同时，面向社会需求积极开展公益性研究和劳动保障咨询服务。
1，深化科技体制改革，整合科技资源，强化研究机构、学术团体、高校和企业之间的协作机制，形成政府有效指导、科研机构内部活力充分激发、学术思想和学术交流繁荣踊跃、科技资金投入多元化、科技成果更加适应需求并得到及时有效推广的科技创新体系。
2．集中力量及时完成一批重大科技课题攻关。特别是多学科、跨领域、对劳动保障事业协调发展和社会进步具有重大支撑作用的综合性课题。充分发挥重大课题实施对科技工作的带动作用。
3．加强学科和理论体系建设，积极开展理论研究，提高劳动经济学和社会保障学的学科地位，努力促使劳动经济学成为国家一级学科。
4．进一步完善科技成果推广机制，建立和完善科技成果信息数据库，拓宽科技成果社会共享渠道，使更多的研究成果应用于政府决策和实际工作中，并被社会各方面广泛采用，提升劳动保障科技成果的推广应用水平。
5．建立一支专业素质高、知识和年龄结构合理、富有创新精神和能力的科技队伍，形成合理的人才竞争和激励机制，使优秀中青年学术带头人的作用得到充分发挥。
6．加强国际交流与合作，进一步提高我国劳动保障科学技术的国际影响力，促进我国劳动保障科学技术研究与国际接轨。
(三)阶段性目标
1．第一阶段(2006-2010年)
进一步提升劳动保障科技事业地位，充分发挥科技的服务和推动作用，以技术、产业为纽带，以市场为导向，以国家级重点科研机构为主体，组建具有一定自主创新能力和自我发展能力的劳动保障科研联合体；及时提出并开展一批重大综合性课题的研究，提升成果的应用水平，实现公益性成果社会共享；完善学科体系建设，初步培养和造就一支高水平的科技队伍；科研条件和手段达到国内同类研究机构的先进水平；努力形成科学技术研究与劳动保障工作实践紧密结合、良性互动的局面，为劳动保障事业发展提供全面、系统的理论指导和技术支持。
2，第二阶段(2011-2020年)
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