（1）农村商业银行职工自然人股、社会自然人股、法人股比重根据当地经济发展情况合理配置。法人股宜占较大比重。
（2）适当提高单个股东持股比例。在自然人、中小企业分散持股的基础上，股东中应有5－8家持股比例相当、利益独立、持股比例在3%左右的优秀企业。
已开业农村商业银行应充分利用增资扩股及股权转让优化股权设置。
2.改善股东结构和质量。农村商业银行在增资扩股时，应重点引进业绩突出，有利于促进农村商业银行完善公司治理，有追加投资能力的法人股东。监管部门应鼓励农村商业银行引进合格的境内外战略投资者。
（十二） 完善公司治理
1.健全董事会的机能，发挥董事会的作用。一是优化董事会构成。董事会中职工董事、社会自然人董事、中小法人股东董事、大股东董事代表宜基本平衡；独立董事人数不少于2名。二是提高董事履职能力。加强对董事的培训，提高董事的专业水平和责任感；吸收具有专业知识、关注银行发展的人士进入董事会。三是明确董事会职责。董事会例会应有明确的议题和决策事项。董事会应下设审计、风险管理、关联交易、薪酬与提名等专业委员会，由合格人员担任专业委员会负责人，使董事会的相关职责落到实处。
2.建立董事会与高级管理层分工协作的关系，提高内部透明度。对重大经营管理事项，高级管理人员应向董事会全体成员披露详细情况，杜绝少数人控制现象。
3.充分发挥监事会的监督制约作用。加强监事会的独立性，充实监事会的力量，提高监事素质。监事会应明确制定年度工作计划，履行法定职责。
3.贯彻现代金融企业管理方式。农村商业银行应按现代银行管理要求，重新整合业务流程和管理流程，提高经营效率，由粗放经营模式向集约经营模式转变。农村商业银行应大力提高高级管理人员和从业人员素质，深化劳动用工人事制度改革，建立市场化的人力资源管理体制和有效的激励约束机制，积极引进管理人才与专业人才，建立“能者上、庸者下”的用人机制。
（十三） 加强对高级管理人员履职行为监管
自2005年起，监管部门要加强对农村商业银行董事、高级管理人员履职行为的监管。从合规性、公司治理完善和经营机制转换程度、内控机制建设、风险监管指标、经营业绩等方面进行全方位的考核评价。对不能适应农村商业银行改革发展的高级管理人员和董事，监管部门应将有关情况通报行业管理部门、董事会或股东大会；对问题严重的人员，监管部门应建议或责令股东大会、董事会对相关人员予以调换，必要时依法取消其相应的任职资格。
（十四） 合理设置和管理分支机构
农村商业银行分支机构宜采取扁平化模式，缩短决策流程，提高管理效率。农村商业银行应统筹辖内分支机构布局，重新整合确定分支机构功能，不应将原农村信用社简单翻牌；应按现代银行管理与风险管理要求制定分支机构授权办法和考核制度，加强对分支机构的管理。
各级监管部门应适当列席股东大会及董事会会议，对农村商业银行公司治理的落实情况、完善程度进行评价。对农村商业银行公司治理中存在的问题，应及时采取监管措施，督促、指导农村商业银行整改完善。
五、内部控制监管
（十五） 健全内部控制体系
农村商业银行应在全面风险管理框架内，健全内部控制体系，在控制环境、风险识别、控制活动、信息沟通、内部监控等方面予以完善。
农村商业银行完善内部控制体系，主要包括如下内容：1.明确董事会在完善内部控制方面的首要职责；2.建立覆盖所有业务品种和业务流程的内部控制制度，明确授信、投资以及金融创新业务的经营政策、业务程序及操作规范；3.建立有效的信息收集、分类、识别、评价制度，提高风险识别及测量能力，有效管理风险；4.强化内部控制各项制度的贯彻执行；5.保证内部控制取得预期效果。
