对生产经营收入、年应纳税所得额或者年应纳所得税额较大的企业，要积极探索属地管理与专业化管理相结合的征管模式，试行在属地管理基础上集中、统一管理，充分发挥专业化管理优势。科学划分企业所在地主管税务机关和上级税务机关管理职责，企业所在地主管税务机关负责企业税务登记、纳税申报、税款征收、发票核发等日常管理工作，县市以上税务机关负责对企业的税收分析、纳税评估、税务检查和反避税等工作事项实施分级管理，形成齐抓共管的工作格局。
对生产经营收入、年应纳税所得额或者年应纳所得税额中等或较小的企业，主要由当地税务机关负责加强税源、税基、汇算清缴和纳税评估等管理工作。根据税务总局制定的《
企业所得税核定征收办法》规定的核定征收条件，对达不到查账征收条件的企业核定征收企业所得税，促使其完善会计核算和财务管理；达到查账征收条件后要及时转为查账征收。
3.特殊企业和事项管理
汇总纳税企业管理。建立健全跨地区汇总纳税企业信息管理系统，实现总分机构所在地税务机关信息传递和共享。总机构主管税务机关督促总机构按规定计算传递分支机构企业所得税预缴分配表，切实做好汇算清缴工作。分支机构主管税务机关监管分支机构企业所得税有关事项，查验核对分支机构经营收入、职工工资和资产总额等指标以及企业所得税分配额，核实分支机构财产损失。建立对总分机构联评联查工作机制，税务总局和省局分别组织跨省、跨市总分机构所在地主管税务机关共同开展汇总纳税企业所得税纳税评估和检查。
事业单位、社会团体和民办非企业单位管理。通过税务登记信息掌握其设立、经营范围等情况，并按照税法规定要求其正常纳税申报。加强非营利性组织资格认定和年审。严格界定应税收入、不征税收入和免税收入。分别核算应税收入和不征税收入所对应的成本费用。
减免税企业管理。加强企业优惠资格认定工作，与相关部门定期沟通、通报优惠资格认定情况。定期核查减免税企业的资格和条件，发现不符合优惠资格或者条件的企业，及时取消其减免税待遇。落实优惠政策适用范围、具体标准和条件、审批层次、审批环节、审批程序等规定，并实行集体审批制度。对享受优惠政策需要审批的企业实行台账管理，对不需要审批的企业实行跟踪管理。
异常申报企业管理。对存在连续三年以上亏损、长期微利微亏、跳跃性盈亏、减免税期满后由盈转亏或应纳税所得额异常变动等情况的企业，作为纳税评估、税务检查和跟踪分析监控的重点。
