第十六条 重点项目实施过程中，项目负责人和计划的变更及项目的暂缓拨款、中止等事宜，按科学基金面上项目的有关规定执行，由科学部审批办理手续送计划局备案。项目中止，结余经费纳回科学部重点项目经费。重点项目负责人和项目组内具有高级专业技术职称的主要成员不得因申请新的重大、重点项目而退出在研的重点项目。
第十七条 重点项目实施中期，科学部应选取适当方式对项目进行检查。根据情况，对项目计划和资助经费进行调整。中期检查结束后，科学部填写《国家自然科学基金重点项目中期检查报告》，送计划局备案。
第十八条 重点项目经费，分年度拨至项目负责人所在单位，第一次于项目批准年末拨出资助金额的４０％；以后３次按资助金额的３０％、２０％、１０％于每年第一季度末拨出。项目经费的使用与管理，按照《
国家自然科学基金资助项目财务管理办法》执行。
第十九条 凡联合资助的项目，科学部应在计划实施前，就资助的金额、拨款方式、经费使用范围、各方的权利与义务等与联合资助单位签订“协议书”，送计划局备案。
第二十条 重点项目应积极开展国际合作研究与学术交流活动并将其纳入项目的研究计划。原则上项目总经费的１０％可用来开展国际合作与学术交流活动，实施办法另行规定。
第二十一条 重点项目的研究成果（专著、论文、鉴定的技术成果等）均应标注“国家自然科学基金资助项目”字样和项目编号。属多渠道资助的研究成果可同时标注。重点项目结题后三年内，各承担单位仍应将有关专著、论文被引用以及新发表情况、成果鉴定推广效益情况等报送计划局。
第四章 验收与结题
第二十二条 重点项目验收工作应于执行期限终止时完成，由科学部商项目负责人，确定验收方式，做出验收工作的安排。联合资助项目需与联合资助方协商组织验收。重点项目验收的主要内容为研究计划完成情况、取得的成果及其水平、人才培养、国际合作与交流等。
第二十三条 项目负责人应于验收前１个月将《国家自然科学基金资助项目总结报告》、《国家自然科学基金项目资助经费决算汇总表》及录有结题简表的计算机软盘报送有关科学部、科学部会同计划局审查合格后，组织验收。
