１．代表机构未能提供有效的合同、协议等凭证资料，正确区分其应税业务活动和不征税业务活动。
２．代表机构经常与其总机构共同向客户提供各项服务，未能提供有效资料、凭证，正确划分代表机构与总机构应分享的收入额。
３．代表机构发生其他未能正确申报收入额的情况。
上述报送国家税务总局的对代表机构按经费支出换算收入方法征税的请示文件中，应附列所涉及的外国企业在本地区以外所设代表机构的情况。定期上报之前，各地税务机关可先按经费支出换算收入方法预征各有关税收。
三、关于代表机构进行税务检查和调整问题
各地应根据《
国家税务总局关于外国企业常驻代表机构纳税检查问题的通知》（国税发〔１９９６〕１０６号）的规定，在１９９７年６月３０日之前，对代表机构进行一次全面清理、检查。对以下情况应根据本通知规定的内容做出税务征管的调整：
１．对原已由税务机关判定为非征税户的，应根据本通知的规定，确定原判定是否正确，或者代表机构有无开展新的应税业务活动。凡根据本通知规定重新判定为征税户的，从１９９６年１０月１日起按新的判定计征税款。
２．对代表机构尚未办理税务登记或尚未申报情况提请税务机关进行判定的，或者在判定过程中存在分歧，企业未予接受而未申报纳税的，应根据本通知规定进行判定。凡判定为征税户的，对其以前年度应征未征的税款，可根据《
中华人民共和国税收征收管理法》第
三十一条及其实施细则第
五十五条的规定，一般情况下追溯三年，个别情况特殊的，可追溯更长时间。
３．对已判定为应征税户的，应审查其申报有无不实，并根据本通知规定，确定对其是否需要改变计算征税方法。凡确定应调整计算征税方法的，从１９９６年度起，按调整后的方法计算征税。
四、关于代表机构税款征收、检查问题
各地国家税务局、地方税务局可根据不同情况，制定对所在地区代表机构的税收检查、管理措施。首先应要求代表机构按税法规定的期限申报情况，并在此基础上各自做好税款入库工作；其次，组织有效的力量进行检查。检查的形式可以是联合进行，也可以是单独进行，还可以是协商分户进行。不论采取任何形式的检查，凡一方检查中发现的问题，在进行调整处理之后，必须将所发现的问题和处理意见通知另一方。另一方在接到通知之后，没有正当理由，应进行相应的调整处理。
