3、继续加大了农林水利和生态环境保护的投入力度。1999年汛期之前，完成了长江、黄河、嫩江、松花江干堤的修复加固任务，为此中央财政增加投资192亿元；继续在长江上游、黄河中上游地区及东北林区实施天然林保护工程，中央财政增加农林水利投资和财政专项补助86亿元。
4、全面落实党中央关于军队、武警部队、政法机关不再从事经商活动的决定。1999年，军队、武警部队、政法机关与企业脱钩后，中央财政给予补充经费57.45亿元。中央财政增加海关、公安等部门缉私经费和贫困地区政法机关装备及办案经费19.3亿元。支持军队、武警部队、政法机关不再经商办企业，增强其保障能力，对于加强军队和政权建设，维护社会主义市场经济秩序，深入开展反腐败斗争，保证国家的长治久安，具有十分重要的意义。
5、落实各项粮棉购销政策，支持农村经济发展。为保护农民种粮积极性，巩固粮食流通体制改革的成果，1999年中央财政支付储备粮食费用和利息，安排粮食风险基金，负担1992年以来新增粮食财务挂帐的利息补贴等共达368.51亿元。
6、大力支持科教兴国战略的实施。1999年，中央财政教育事业费支出增加27.32亿元，比上年增长22.2％，超过中央财政收入增幅4.7个百分点；为支持知识创新工程和国家重点科研项目，中央财政增加科技投入12.55亿元，比上年增长14.6％；通过国债专项资金对668个技术改造项目安排贴息资金，有力地支持和促进企业技术进步。
二、增强依法理财观念，推进预算管理制度改革
1999年6月，全国人大常委会在审议1998年中央决算报告时，对中央预算编制工作提出了明确要求：一是要严格执行《
预算法》，及时批复预算；二是要细化预算内容，增加预算的透明度；三是要编报部门预算。12月，九届全国人大常委会第十三次会议通过了《全国人民代表大会常务委员会
关于加强中央预算审查监督的决定》，要求加强对中央预算的审查和监督。为贯彻落实全国人大常委会的要求，国务院批准了财政部《关于改进2000年中央预算编制的意见》，决定推行以建立部门预算为核心内容的预算编制改革。
为保证预算编制改革工作的顺利进行，财政部成立了预算编制改革工作小组，多次与国家计委、国家经贸委、国务院机关事务管理局等有预算分配权的部门和教育部、农业部等11个中央部门共同研究改革方案，多方面征求意见。预算编制改革方案经国务院批准后，财政部制发了《关于
改进2000年中央预算编制的通知》，要求中央各部门按照国务院部署编制部门预算，选择教育部、农业部、科技部、劳动和社会保障部四个部门作为向全国人民代表大会报送部门预算的试点单位；对有预算分配权的几个部门，要求按照财政部统一规定的时间表及时审核和落实部门预算指标；细化报送全国人大审议的预算草案的内容。按预算编制改革要求，今后财政部不再保留预算机动指标，对预算中确需追加的支出，由各部门提出申请，财政部汇总审核后报国务院审定，通过动用预备费解决。国务院批准的2000年预算编制时间表，从1999年9月开始，比上年提前两个月，对各部门报送、协商、确定预算草案的时间都作了明确规定，提出了确保预算编制准确、高效、有序、按时完成的要求。
