在出境检查时发现非法居留的外国人，十日以内的，处以警告放行；十一日以上的，从第十一日起每日处５００元罚款，罚款总额不超过５０００元。对持用外交、公务护照的人员逾期停留或居留的，作出记录警告放行，不做罚款处罚。
中国公民非法出入境有下列情形之一的，按照
《补充规定》第
五条处罚，并收缴无效、非法取得、伪造涂改或者冒用的护照、证件：
１．未持有中华人民共和国护照或者其他出境入境证件的；
２．持用无效护照或者其他出境入境证件的；
３．持用以非法手段获取的护照或其他出境入境证件的；
４．持用伪造、涂改的护照、证件、签证或者冒用他人护照、证件的。
在入出境检查中发现运送他人偷越国（边）境的，按照
《补充规定》第
四条处理。应当追究刑事责任的，由边防检查站移交当地县、市公安机关，当地县、市公安机关应当在２４小时内接收，个别县、市、公安局距口岸较远的可延长至４８小时；发现组织他人偷越国（边）境的，移交当地公安机关处理；情节轻微不需判处刑罚的，由边防检查站处罚。查获组织、运送他人偷越国（边）境犯罪分子后，对查获的非法所得和供组织、运送他人偷越国（边）境使用的犯罪分子本人所有的或者明知为组织、运送他人偷越国（边）境使用而提供的运输、通讯工具或者其他财物，一律予以没收。需要追究刑事责任的，应将所没收的财物随案移交。
对外国人的拘留处罚，边防检查站应报经省、自治区、直辖市公安厅、局批准。对港、澳、台人员和华侨的拘留处罚应报经省、自治区、直辖市公安厅、局边防局（处）批准。对国内居民的拘留处罚由边防检查站做出裁决。边防 检查站做出拘留处罚裁决后，将被处罚人交当地县、市公安机关执行拘留。
对罚款数额的批准权限是：２０００元以下罚款（一人或数人一次罚款，下同），由边防检查站值班站领导批准。２０００－５０００元罚款由边检站站长批准。５０００元以上罚款，由省、自治区、直辖市公安厅、局边防局（处）批准。在紧急情况下或来不及报批的，可以边执行罚款边报批。
边防检查站在做出处罚决定时，所需法律文书按照公安部《关于对非法入出境人员处罚办法的通知》（公通字〔１９９１〕３２号）执行。边防检查站在执行罚款处罚和没收财物时，应当出具罚没款收据。
