第二阶段：二至三年，进一步完成轮转，逐步进行专业培训，深入学习和掌握本专业的临床技能和理论知识，达到能独立处理本学科常见病及某些疑难病症。最后一年应安排一定时间担任总住院医师或相应的组织管理工作。
在培训期间，要安排住院医师参加基层预防、保健工作，时间不少于六个月。
第十条 住院医师的培训，由科主任负责，有关科室上级医师集体指导。在第二阶段培训期间，可采取专人指导的方式。
第十一条 对住院医师的考核成绩，可根据政治思想、理论知识、临床技能等不同内容，采用评分、学分积累制等多种形式。
第十二条 住院医师完成第二阶段培训后，由培训基地进行全面考核，合格者，发给住院医师培训合格证书，作为申报主治医师的依据。
第四章 组织领导
第十三条 在卫生部领导下由有关部门组成“住院医师培训委员会”，负责指导全国住院医师规范化培训，日常工作由卫生部教育司负责。
第十四条 各省、自治区、直辖市应在卫生行政部门领导下成立相应机构，其任务是：
1、根据本办法，结合本地区实际情况，制定培训、考核的实施方案和细则。
2、培训基地的认可与撤销；
3、指导检查培训工作；
4、组织对培训质量的评估；
第十五条 医院应成立住院医师培训管理机构，并有专职人员负责具体管理工作，要把完成住院医师培训，作为医院考核、晋升等级的条件之一。
第五章 经费和待遇
第十六条 为加强培训基地的建设，其行政主管部门应根据培训任务在经费上给予一定支持。
选送住院医师的单位应向培训基地缴付适当的培训费用。住院医师在基地培训期间的工资、福利待遇由原单位解决。
第六章 附 则
第十七条 县级和县级以上非培训基地医院，主要是对住院医师进行医德、医风和严格的临床工作基本训练。可参照培训基地第一阶段的培训办法，根据住院医师不同学历层次，分别制定培训要求和实施细则，培训时间可适当延长。住院医师完成培训经考试合格后，发给培训合格证书。
医院可根据需要，选送已完成培训的住院医师到培训基地进行专业培训或专科进修。
