实行事业费包干的科研机构，按其事业费减拨程度，享受上述相应待遇。
事业费部分自给的技术开发型科研机构，实行奖励、福利基金提取比例与事业费减拨幅度挂钩，以奖励、福利基金占纯收入的50％为基数，事业费每减10％，奖励、福利基金增加2％，由单位自主使用，事业费完全自给的科研机构，在保证事业发展的前提下，其税后留用的纯收入由单位自主使用。
事业费包干的科研机构，其包干结余和创收部分，在保证科技事业发展和完成科研任务的前提下，除提留不低于40％的事业发展基金外，其余部分由单位自主使用。结余和创收自主使用部分不足全年发放奖金免税限额的，经主管部门批准，自主使用部分的比例可适当提高。
四、要加强应用研究与专业技术基础研究，确保铁路事业的长远发展和科技发展后劲。要健全和完善科研发展基金，其投入要随着铁路财政收入的增长不断增加，要根据铁路中长期科技发展纲要的纵深部署和科技发展项目指南，有层次地开展研究工作。要加强应用研究与开发工作的相互联系和转化工作。要在运输过程控制技术、检测技术和安全技术等方面加强研究开发，取得突破。在分配上要注意鼓励承担国家攻关项目、部的重点项目，以及应用研究、专业技术基础研究任务的科技人员。
五、按照“开放、搞活、扶植、引导”的方针和“管理与经营分离”的原则，大力开拓技术市场，推动铁路技术进步。考虑到铁路的产业特征，在充分运用计划机制组织科研与生产结合的同时，还要运用经济杠杆和市场调节的作用，动员广大科技工作者在有广阔发展前景的铁路技术市场，围绕运输生产的需要，开发并提供成龙配套的、先进的、适用的科技成果。要逐步形成技术市场网络，加强组织管理，加快市场信息的传播，活跃技贸活动。
六、要进一步完善科技人员管理制度，充分发挥科技人员的积极性、创造性，保障他们的合法权益，鼓励人才的合理流动与平等竞争，逐步推行科技人员的聘用合同制，实现人才与单位之间的双向选择。
科研院、所在科学设岗、合理定编的基础上，可根据本单位科技发展规划与人才需求规划，本着公开招聘、平等竞争、择优录用的原则，在编制定员和工资总额内招聘毕业研究生、大学本科生和社会闲散科技人员。
科技人员在良好地完成本职工作和不损害本单位及兼职单位技术、经济权益的前提下，可以有组织地开展业余兼职，从事讲学、编辑、翻译等活动，或参加技术服务、咨询开发、技术培训等科技工作，鼓励科技人员按照国家有关政策承包、领办路内外全民和集体企业、事业单位，创办各种所有制的新兴产业和新技术产业，为铁路建设服务，允许科技人员以多种形式到运输、工程生产现场和边远地区铁路单位工作，允许未受聘的科技人员以各种方式流动。
