用于医院发展建设的资金实行项目管理，要按照区域卫生规划的要求，充分考虑区域内不同类别、级别医院的功能、学科发展和技术进步等因素，通过立项论证等与财政专项补助统筹安排。
用于社区卫生服务和预防保健事业的资金可按不超过弥补医疗成本后的药品收支结余的１０％提取，并实行项目管理。
六、医院药品收支结余按季上交。用于弥补医疗成本的资金按季返还，用于医院发展建设和社区卫生、预防保健的资金，按项目支出的实际需要，一次或分次核拨。
上报医院季度会计报表、核定下达上交金额、上交药品收支结余、缴存财政专户、返还医院等具体工作时间由卫生行政部门商财政部门按高效、及时的原则确定。
七、卫生部门、工业及其他部门医院以及军队、武警医院对社会开放部分的药品收支结余按财务隶属关系与属地管理相结合的原则进行管理，具体管理方式由省级卫生、财政部门按照区域卫生规划原则商有关部门确定。
卫生部、国家中医药管理局、教育部所属在京医院的药品收支结余按财务隶属关系管理；所属京外医院委托医院所在地的卫生、财政部门管理，与当地医院统一考核，资金统一管理。上交的药品收支结余资金除按地方规定提取用于社区卫生服务和预防保健事业外，按第五条的原则全部返还上述医院。
卫生、财政部门在安排委托管理医院发展建设返还资金时，应征求医院上级卫生主管部门的意见，并将考核结果和资金分配情况及时报医院上级卫生行政部门主管部门备案。
八、药品收支结余的会计处理。医院上交药品收支结余时，借记“结余分配一待分配结余”科目，贷记“银行存款”科目。收到返还款时，按用途分别核算；用于弥补医疗成本，借记“银行存款”科目，贷记“结余分配一待分配结余”科目；用于医院发展建设，借记“银行存款”科目，贷记“专用基金”科目。
九、医院必须按规定的时间上交药品收支结余，逾期不交的按违反财政纪律论处。集中的药品收支结余资金应全部用于卫生事业，任何部门不得以任何理由截留或挪作他用，也不得抵顶和减少预算拨款。卫生、财政部门应按规定及时返还，无故拖延返还时间的，追究有关人员的责任。
十、本办法自２０００年７月１日起执行。卫生部、财政部原印发的《医疗机构“医药分开核算、分别管理”暂行办法》（卫规财发〔１９９９〕５５２号）同时废止。
