第九条 新药基金项目在聘请同行专家评议基础上，召开专家评审会。专家评审组由全国有关单位专家组成。专家评审组成员每年根据申报项目的类别选聘，基金项目由国家医药管理局下达。
第四章 项目的管理
第十条 获准的项目起止年限以下一年一月算起。参照我国技术合同法订立合同（合同格式另订）。
第十一条 基金项目应列入承担单位的科研计划。承担单位对课题任务的完成负责，并保证课题负责人和成员的相对稳定。
第十二条 新药研究涉及多种学科。鼓励协作研究，协作者（单位）所需的研究经费，从申请单位获准的经费总额中划拨经费的使用以及与协作单位双方承担义务和成果分享问题由双方相应的合同确定。
第十三条 获准资助研究项目的经费，实行一次核定，分年度拨款。由该单位财务部门实行单独记帐，单独核算，专款专用，单位可提取小于５％的管理经费。接收资助项目，每年要上报完成情况，项目完成不好，或实践证明由于选题不当等原因，确应停止研究的项目，经合同双方研究后停止下一年度拨款。
第十四条 受资助期间，无故终止研究，应退还余款。若因失职造成者，应由申报单位负担风险赔偿费。若发现项目有异议时，资助方有权暂停资助直至问题澄清为止。
第十五条 资助项目于当年开始，每年６月汇报一次工作进展情况。每年１２月前提出书面报告，包括项目进展情况，取得的成绩，经费使用及下年度工作计划。为加强项目的管理，确保项目的研究质量，进度和经费的合理使用，资助方有权了解资助项目的有关情况，必要时可以观察试验，查阅记录并提供咨询意见。
第十六条 资助课题工作全部结束后，必须进行总结，写出论文，鉴定（或评议），编报经费开支总决算，将有关资料报国家医药管理局。有关技术资料将予以保密。
第五章 成果和奖励
第十七条 新药研究成果（包括阶段性成果）如有可能投入生产开发为新产品者，应不公开发表以保护权益。如属于可以发表的内容，也需与资助单位协商，在确保专利权益前提下发表，并在文后注明本基金资助。
