（一）工程建设
1、小流域综合治理工程。结合各试点区域实际，实施坡耕地改造工程，建设水窖、水塘及坡面水系等小型水利水保工程。营造水土保持林草，建设乔灌草结合的入库（河）生物缓冲带。通过工程措施和生物措施，减少土壤侵蚀，发挥梯地、林草植被等水土保持设施控制、降解面源污染物的作用。
2、生态修复工程。在试点区域的远山区，实施封山禁牧、封育保护，加强现有林草植被的保护，防止人为破坏，依靠大自然的力量恢复植被，改善生态环境，涵养水源，保护水资源。
3、农村生活污水及畜禽污染物处理工程。推广沼气等实用技术，对试点区域内农村集中排放的生活污水及畜禽污染排放物进行无害化初步处理，减少污染物排放量，控制对水源的污染。
4、绿色农业示范工程。结合农村产业结构调整，推广使用有机肥料，以及易降解、低残留的农药与化肥，减少农业面源污染物的排放。
5、监测。建立水土流失和水质指标动态变化的监测点，监测的主要指标包括：土壤侵蚀模数、土壤侵蚀量、入库泥沙量，以及总磷（TP）、总氮（TN）、生化需氧量（BOD5）、化学耗氧量（COD）等。
（二）制度建设
在实施试点工程建设的区域内，制定、出台和落实以下政策及规定：
1、封山禁牧、封育保护的政策和乡规民约；
2、化肥、农药使用推荐种类目录和科学使用量及方法；
3、农村生活垃圾、畜禽和水产养殖污染排放的控制管理；
4、加强对试点区工业企业、饮食服务等行业排污的监督管理；
5、落实开发建设项目水土保持“三同时”制度；
6、开展农村文明新村建设活动。
三、组织实施
试点工程建设由省级水利水保部门负责组织实施，具体负责试点工程建设实施方案的审定，以及工程实施的组织协调、技术指导、监督检查、竣工验收和试点工程监测等工作。县级水利部门在当地政府的统一领导与协调下，加强与有关部门的配合与协调，组织编制试点工程建设实施方案，建立制度、落实责任、明确任务，开展试点工程建设。同时，要主动与有关部门及科研单位密切协作，搞好试点工程的监测工作。当地政府应在试点工程区设立“防治面源污染水土保持试点工程”标志牌。
试点工程建设所需资金从国家现有水土保持投资渠道安排，并优先保证其实施。试点工程建设时间为3年，2005年开始到2007年结束。
