残留监控工作流程图、取样流程图及有关单证、标签见附录6。
抽样单位在抽取监控样品时要尽可能考虑在源头，如养殖场和养殖环节抽取样品，以真正反映养殖实际用药情况和确保可追溯性。鳗鱼、养殖水产品监控样品时应保证全部样品是在养殖场抽取，蜂蜜监控的5％至10％样品应从蜂场抽取，禽类监控样品要不少于80％比例从饲养场抽取。各地还应根据实际情况，在本计划之外安排一定比例的饲料、饮水监测。
检测单位收到样品后，应严格按照规定的流程尽快完成检测任务并及时出具残留监控检测结果报告单，以特快专递方式送达抽样地的直属局残留监控负责人(附录8)。检测实验室不得拒收正常的监控样品或延误样品的接收和结果的出具，特殊情况下结果的送达也不得超过30天(自收到样品之日算起)。
筛选检测结果阳性的，必须用确认方法确证。检测实验室若不具备确证条件，须将可疑阳性样品送至相关的基准实验室进行确证。基准实验室在收到样品后应在一周内完成确证检验和向送样实验室送达确证检验结果。经确证残留物质超标或禁用药物阳性，检测实验室应在24小时内通知送样单位。
四、各检测实验室要按照《残留检测标准操作程序(SOP)编写指南》和《残留检测标准操作程序(SOP)的编写格式》的要求(见附录11和附录12)编写SOP，SOP的检测灵敏度必须满足附录2和附录4的要求。要严格按照《残留分析质量控制指南》的要求开展分析测试工作，设定质量控制样品以保障分析测试质量，确保检测工作的质量和结果的准确有效。实验室应根据情况，结合日常工作尽可能对所检测的项目绘出质控图。
五、对阳性检测结果要进行追踪调查，并采取必要的处理措施。
取样单位在收到阳性结果通知后，应在48小时内以书面形式通报所在地农牧渔业部门和被取样单位，进行追踪调查。有关动物源性食品尚未出口的，不准出口；已经出口的，立即通知有关出口公司召回。取样单位对阳性样品应调查追踪至产品来源的饲养(养殖)场，暂停该场的原料用于出口加工。并在该饲养(养殖)场至少抽取两个以上样品(在送样单备注栏中注明是跟踪调查样品)直接送至项目的基准实验室进行检测。收到追踪调查样品后，基准实验室须在10天内完成测试分析和送达书面检验结果至送样单位等工作。跟踪调查样品检测结果仍为阳性时，检验检疫部门将视情况暂停或取消企业该产品的出口，查出超标原因，对有关的企业和饲养场应限期整改。各相关单位必须建立阳性追踪档案，记录调查过程、结论及纠正措施，并将追踪调查结果及时上报质检总局食品安全局。
对于进口产品，在收到阳性结果通知后取样单位应在24小时内通知该产品的进口企业(单位)停止该产品的销售和使用，并按规定进行召回、封存和查处。对于检出我国禁用药品残留的，各直属局应在结果确证后24小时内将该产品的产地(国别)、品名、数量、药物残留检验和查处情况等上报质检总局食品安全局。
