三、落实上海交通大学医学院办学自主权。医学院建立符合医学教学科研规律的医、教、研体系，自主开展教学、科研、国内外学术交流合作，确定教学科研机构的设置和人员配置，评聘教师和专业技术人员，拟定和执行年度经费预算方案，接受财政资助和社会捐助，任免处级及以下干部等。
四、明确原上海第二医科大学的资产处理。两校合并后，由上海市政府采取挂帐划拨的办法，将原上海第二医科大学的资产并入上海交通大学，原上海交通大学医学院的资产也并入新的上海交通大学医学院。
五、搞好上海交通大学医学院的财政经费安排。上海交通大学医学院暂保留独立账户，独立核算，原上海第二医科大学财政结余继续留存上海交通大学医学院账户，专项用于上海交通大学医学院。上海地方财政按照2005年上海市人大批准的对原上海第二医科大学部门预算安排的人员经费、生均公用经费和经常性专项经费为基数拨付事业经费，每年有所增长，待中央有关部门明确经费管理体制后，再按规定办理经费基数划转手续。
教育部继续向上海交通大学提供额定的事业经费、基建投资和已有的各种专项拨款、补贴，并按对部属综合大学投入的增长比例增加投入。上海交通大学医学院的基建经费由教育部和上海交通大学予以落实；上海交通大学医学院争取地方财政其他科研经费时，上海仍按原地方院校的待遇给予支持；新一轮“211工程”的投入仍按共建原则（1：1的配套原则），保证对上海交通大学医学院的投入不低于上期水平。教育部要确保“985”建设资金投入，上海市政府予以配套支持医学院重点项目建设。
六、对上海交通大学医学院附属医院的管理。瑞金医院、仁济医院、第九人民医院、上海儿童医学中心、宝钢医院等附属医院原关系不变。附属医院副局级干部配备，由上海市科教党委商上海交通大学党委、上海交通大学医学院党委和上海申康医院管理中心，提出建议方案，按程序报上海市委审批；处级干部暂由上海交通大学医学院党委任免，报上海交通大学备案。附属医院资产归口上海申康医院发展中心管理；事业经费仍作为一级预算单位，由上海市财政按预算拨付，上海申康医院发展中心进行管理；业务工作接受上海市卫生局行业管理，日常工作由上海交通大学医学院管理。
