１．科研发展基金：可用于添置仪器、设备，购置技术图书资料以及改善工作条件等；
２．职工福利基金：主要用于文化福利设施，办好食堂、子弟学校、托儿所等福利事业，如有多余，也可作为自筹资金，纳入计划，并按国家规定的基建程序经批准用于修建职工宿舍。
３．职工奖励基金：用于奖励在科研中取得显著成果，工作中成绩突出和在增收节支中做出贡献的集体和个人。
以上三种基金的来源：
１． 经批准留用的预算包干结余，其中属于经费节约部分，可提取一定比例的职工福利基金和职工奖励基金。提取职工福利基金和职工奖励基金的比例，由主管单位按考核科研任务的完成情况具体确定，但原则上最高不超过经费节约部分的百分之四十。
２． 组织收入的留成。按年计算，凡收入在二万元以下的，全部留给科研单位；超过二万元的，超过部分实行五·五分成，百分之五十上缴主管单位，百分之五十留给科研单位。上缴主管单位部分，主要用于弥补科研经费不足，也可以用一部分调剂给完成任务好而没有收入或收入少的所属单位举办集体福利设施和职工奖励；留给科研单位部分，除按考核条件，由主管单位确定提取比例作为职工福利基金和职工奖励基金（原则上应不超过留成数的百分之四十）外，其余均为科研发展基金。
３． 实行预算包干后，如发生支出大于预算的超支现象，应首先从组织收入中弥补超支，弥补后的余额再予留成。
对三项基金的收支情况，应及时向群众公布。要充分听取职工群众的意见，接受群众监督，实行民主管理。各单位要不断改进管理工作，建立责任制度，加强核算，加强内部的经济考核，遵守财政纪律，严禁弄虚作假。
四、 职工奖励。职工奖励要坚持精神鼓励和物质奖励相结合的精神，把科研人员的政治待遇，物质利益和完成科研任务联系起来，要贯彻“按劳分配”、“多劳多得”的原则，贡献大的多奖，贡献小的少奖，没有贡献的不奖，反对平均主义。
为了鼓励各单位积极完成科研任务，凡完成以下三项考核条件的，才能提取职工福利基金和职工奖励基金：
１．完成年度内应当完成的科研成果计划和课题进度计划在百分之八十五以上；
２．遵守财政纪律；
３．积极处理多余积压物资，储备资金不超过定额。
