税收整规工作的主要任务是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指针，深入开展税收专项整治，严厉打击涉税违法犯罪活动，进一步推进依法治税，稳步实施税收改革，全面强化科学管理，切实加强队伍建设，实现税收秩序根本好转，确保税收收入稳定增长，为实现国民经济持续、稳定、健康发展作出积极贡献。
二、整顿和规范税收秩序工作的总体目标
一是初步遏制涉及全国的税收大要案件的发生，虚开增值税专用发票恶性案件数量显著减少。
二是税收执法监督机制更加完善，税务干部的法治观念、执法水平以及执法规范性明显提高。
三是税收征管质量和效率进一步提高，税收收入随经济发展稳定增长。
四是通过税收改革的深化，税收制度、征管体制和内部管理机制逐步完善，税收调节经济和调节分配的作用进一步发挥。
五是税务干部队伍素质进一步提高，人员素质基本适应税收工作需要。
三、确保实现整规工作目标的保障措施
（一）深入开展税收专项检查，严厉打击税收违法活动
针对税收违法犯罪活动的新特点、新趋势、新手法，有重点地开展税收专项整治工作，有的放矢地在税收秩序较为混乱的行业和税收征管相对薄弱的区域开展税收专项检查和专项整治工作；集中力量查处涉税违法犯罪案件特别是影响恶劣、危害严重的大案要案，遏制重大涉税违法犯罪活动的蔓延。
税收专项检查采取行业治理与区域整治相结合的方式进行。基本思路是：每年选择若干个行业在全国范围内开展税收专项检查，在此基础上各地税务机关根据当地产业结构和税源分布情况，确定本省范围内的检查项目。充分利用省级、地市级税务稽查机构现有的机构、人员优势，着重对大、中型企业和重点税源户进行检查，突出重点，点面结合，以点带面，取得实效。
在行业治理的同时，各地区要确定税收征管基础较为薄弱、税收秩序相对混乱的一个地市或者县区，统一调配力量，集中优势兵力，对该地区税收征管问题进行全面检查，开展重点地区税收专项整治。通过对重点地区的集中整治，梳理税收违法活动线索，查找税收征管漏洞和薄弱环节，促进税收征管工作的提高。
2005年，国家税务总局决定在全国范围内对钢铁生产企业、水泥生产企业、煤炭生产及销售企业、废旧物资回收企业、农副产品加工企业、摩托车生产及销售企业、房地产企业、实行出口货物“免、抵、退”税生产企业等进行税收专项检查。
