此次专项检查从9月中旬开始，至12月底结束。检查工作分为三个阶段：
9月10日至9月30日为自查自报阶段。各级各类学校、教育行政部门要按照本《通知》要求，对本单位是否存在违反国家教育收费政策的行为，以及是否存在地方政府及有关部门向本单位摊派或强制搭车收费等情况进行自查和登记，并将自查、整改以及承担的摊派、乱收费等情况，在规定时间内分别上报同级价格、财政等部门。自查出的乱收费金额，能清退的要清退给学生，无法清退的，由价格等主管部门依法没收上缴国库。对各单位自查上报的承担摊派、乱收费等问题，列入重点检查对象进行检查。
在自查期间，为推动治理教育乱收费工作的深入开展，特别是督促各地把治理教育乱收费专项检查落到实处，全国治理教育乱收费部际联席会议办公室将组织若干督查组，分赴有关省（区、市）进行督查，并适时召开督查情况汇报会，总结推广专项检查好的经验，针对存在问题提出指导性意见，保证专项检查健康有序开展并取得实效。
10月8日至12月8日为重点检查阶段。各地价格、教育、纠风、监察、财政、审计、新闻出版等部门要在各级各类学校、教育行政部门自查自报的基础上，按照各自职责分工，组织人员对辖区内的大、中、小学，以及对学校摊派、乱收费的地方政府、教育行政部门及其他有关部门实施重点检查。对查出的乱收费金额，能清退的要清退给学生，无法清退的由价格等有关主管部门依法没收上缴国库。
12月8日至12月31日为整改阶段。各地有关部门要按照职责分工，对检查中发现的问题依法作出行政处罚。同时，要帮助被检查单位整改建制，完善内部管理，增强收费自律能力。
四、工作要求
（一）提高认识，落实责任。开展教育收费专项检查是实践“三个代表”重要思想、坚持执政为民的具体体现。经过两年多的工作，治理教育乱收费已经进入攻坚阶段，各级价格、教育、纠风、监察、财政、审计和新闻出版部门要充分认识治理教育乱收费工作的重要意义，克服松懈、畏难情绪，明确目标要求，建立责任制，责任到人，精心组织，周密安排，做到思想不松、力度不减，集中精力搞好教育收费专项检查工作，确保专项检查工作取得实效。
（二）突出重点，集中攻坚。全国教育收费专项检查工作点多面广，任务重，各地要采取全面检查与重点检查相结合的方式开展工作。对义务教育阶段中小学校，要重点检查违反自愿原则强制收取服务性费用、以择校为目的违反规定收取赞助费、择校费、借读费和转学费等，以及违反规定收取补课费、代收代办费年终不予结算、组织学生统一订购教辅材料并收费等问题。对高级中学要重点检查违反“三限”政策乱收费问题。对高等学校要重点检查与招生挂钩的赞助费、点招费、定向费、建校费和违反规定收取转专业费、补考费、重修费、专升本费等问题。对教育行政部门要重点检查通过征订教辅材料、培训等形式向出版发行单位和学校违规收取费用等问题。对群众反映强烈的通过民办公助（私办公助）等形式举办“校中校”、“校中班”，并收取高额费用的学校，要严厉查处。
（三）改进方式，加大力度。开展教育收费专项检查工作难度较大，在具体工作中各地要采取下查一级、交叉检查为主，同级检查为辅的方式。国家发展改革委将选择部分地方安排直接检查或组织循环交叉检查；各地检查工作方式由省级价格主管部门商有关部门研究确定并负责组织实施。上级主管部门要加强对基层工作指导，明确政策，积极协调，加强督导，排除各种阻力和干扰。各地要采取重点检查、随机抽查、明察暗访等方式，注重实效，避免检查流于形式。要认真查处以谋取个人和小团体利益为目的的乱收费行为，对腐败行为和腐败分子要移交有关部门依纪依法严厉查处。对于屡禁不止、屡查屡犯的乱收费行为，特别是情节恶劣、性质严重、影响较大的典型案件，不仅在经济上依法严处，还要追究有关领导和直接责任人的责任，同时要通过新闻媒体公开曝光，以震慑乱收费行为。
