（二）深化招标投标制度改革。认真贯彻落实《
国务院办公厅关于进一步规范招投标活动的若干意见》，加强公路建设市场管理，规范公路建设市场秩序。2005年清理招标投标规范性文件，废止或修订与《
中华人民共和国招标投标法》、《
中华人民共和国行政许可法》等法律法规相抵触的有关规定。建立交通工程建设项目信用管理制度，完善从业单位信息系统，及时公布从业单位信用信息，建立起交通建设市场的信用监管体系。2006年，改进评标办法，推行合理低价中标，鼓励在概算投资控制下的无标底招标，逐步推行工程项目设计施工总承包。改革资格预审办法，深化资格预审工作。加强对招标人的管理，规范招标行为。进一步加强对评标专家的管理，规范专家评标行为。加强对评标专家的培训、考核、评价和动态管理。2007年，稳步推进公路养护运行机制改革，逐步建立公路养护工程招投标制度，全面推行客运线路服务质量招投标制度。
（三）深化行政审批制度改革。2005年继续深入贯彻《
中华人民共和国行政许可法》，进一步清理、取消和规范交通行政审批事项，完善审批方式，加强后续监管，严格规范备案、核准的范围和程序。2006年至2007年，加强行政许可的配套制度建设，制定完善行政收费、行政强制、行政程序、许可条件、监督检查及行政投诉、行政过错责任追究等方面的规章制度，制定科学、严密的审批操作规程，规范行政许可行为，最大限度地减少审批部门和人员的自由裁量权。2007年加强电子政务建设，推进政府上网工程的建设和运用，逐步实行网上审批。推行政务公开，做到机关办事时限公开，保证经常性工作定期公开，阶段性工作逐段公开，临时性工作随时公开，机关办事结果的公开，投诉渠道的公开，以公开促公正，提高行政审批的公开性和透明度。
（四）深化干部人事制度改革。2005年认真贯彻执行《
党政领导干部选拔任用工作条例》，继续加强和完善干部选拔任用中民主推荐、民主测评、差额考核、任前公示、公开选拔、竞争上岗、任职试用等工作，进一步扩大公开选拔领导干部的范围和比例。探索部机关和部属单位副局级领导职位在系统内部竞争上岗试点，落实领导干部辞职制度和任职回避、交流制度，完善并严格执行部机关重要岗位干部定期轮岗的办法，围绕制定体现科学发展观和正确政绩观要求的干部实绩考核评价标准，完善干部考核考察制度和办法。将审计结果纳入干部管理与评价的重要体系。加大组织处理力度，对群众反应强烈，严重影响工作，问题一时难以查清的干部，采取停职、免职、调离等组织措施。认真贯彻《
公务员法》，规范公务员管理，保障公务员的合法权益。2007年，逐步推行部机关、部属单位副局级领导职位在系统内竞争上岗制度，选择部机关、部属单位少数正局级领导职位面向行业或社会公开选拔。探索党委、党组会无记名投票表决干部任免制度。建立健全领导干部回复组织函询制度，依法实行质询制、问责制、罢免制。
