中央补助地方支出审计，以促进建立科学规范的财政转移支付制度为目标，着力加强三个方面的工作：一是规范转移支付资金管理；二是推动财政体制改革，主要是完善省以下财政体制；三是提高转移支付资金使用效益。通过审计，力争推动财政部门按地区和项目编制中央补助地方支出预算，理顺部门分配专项转移支付资金的职责，规范资金分配行为，提高财政资金使用效益。
三、改进审计工作模式，全面整合财政审计资源。财政审计要坚持“统一审计计划、统计方案，统一审计实施，统一审计报告，统一审计处理”的“五统一”原则。
——以计划为载体统一审计目标，整合审计力量。每年7月底之前，财政审计协调领导小组办公室根据财政审计总体目标，在征求有关方面意见的基础上，提出下一年度财政审计计划的建议，经财政审计协调领导小组研究后报办公厅，经审计长会议审定后执行。
中央本级支出审计，要做好财政部、发展改革委具体组织中央本级预算执行情况的审计和中央部门预算执行情况的审计之间的横向结合，研究确定审计目标，提出审计计划建议。财政审计协调领导小组统一协调组织财政司、行政事业司、投资司和各派出审计局的力量，开展中央本级支出审计。
中央补助地方支出审计，要把财政部、发展改革委具体组织中央补助地方预算执行情况和地方管理使用中央种类补助收入情况作为一个统一的整体研究确定审计目标，提出审计计划建议。从2006年起，对地方管理使用的各类中央补助资金开展全面审计。财政审计协调领导小组按计划统一协调组织实施，整合署机关和特派办财政、行政事业、农业、投资、社保等审计力量，每年集中计若干省、自治区、直辖市（统称为省，下同）。特派办对其管辖范围内的省，在审计统一组织开展中央补助地方支出审计之后，按照就近、就地原则，可自主安排进行审计。特派办自主安排的审计项目要纳入审计署的年度审计计划。中央补助地方支出审计以审计调查为主。对中央补助地方支出的审计，可以吸收地方审计机关的力量参加，同时，要注重运用地方审计机关的相关审计成果。
——以方案为载体整合合审计内容。财政审计协调领导小组办公室负责提出年度财政审计总体方案。财政司负责提出财政部具体组织中央预算执行情况的审计工作方案；行政事业司负责提出中央部门预算执行审计工作方案；投资司负责提出发展改革委管理分配中央预算内和国债基本建设资金审计工作方案；财政审计协调领导小组办公室负责提出中央补助地方支出审计工作方案。财政审计总体方案和各项审计工作方案经财政审计协调领导小组研究并报审计长会议审定后严格执行。
