第十四条 基金委员会有关科学部根据同行专家评议结果，就重大项目课题构成、研究队伍、经费框算等问题与选定的学术带头人和参加者研讨、协调、组织填报《重大项目联合申请书》。
第十五条 重大项目的评审采取论证会方式，按项目成立专家评审组，就项目的主要研究内容、研究目标、预期成果、研究技术路线、队伍构成及所需经费等，进行面对面答辩和背靠背的评审论证，成熟一项，论证一项。
第十六条 项目主持人和课题负责人根据专家评审论证结果，对重大项目研究方案进行补充、修改，填写“重大项目任务书”和“重大项目课题任务书”，报基金委员会有关科学部审核后，提请委务会议审批。
第十七条 基金委员会向项目主持人、课题负责人及其所在单位下达“重大项目批准通知”和“重大项目任务书”及“重大项目课题任务书”，做为执行和检查研究计划的依据。
第四章 项目管理
第十八条 重大项目的管理要依靠专家，充分发挥经济杠杆的调控作用。实行优存劣汰、有进有出、有增有减、浮动拨款的动态管理方法。
第十九条 每一重大项目推选出以项目主持人为首，由若干名专家组成的学术领导小组。学术领导小组对基金委员会负责，其具体职责是：
（一）负责研究计划的组织实施和协调，发挥学术上的指导和咨询作用；
（二）提出经费预算年度分配的建议；
（三）拟订整个项目的国际合作研究与学术交流计划；
（四）检查研究计划执行情况，评价研究工作水平，根据执行情况，提出必要的修改和调整建议，向基金委员会提出项目执行和完成情况的综合性报告；
（五）组织学术交流与国内外研究动态分析，协调解决各参加单位合作中存在的问题，发挥跨学科、跨单位联合研究的优势。
第二十条 重大项目学术领导小组每年召开一次工作检查交流评议会，听取各课题组和承担单位的工作报告，对研究工作进展、经费使用和研究成果进行检查、评议，在此基础上研究下年度工作计划和经费分配方案，向基金委员会提出建议。检查评议活动应邀请项目主持人所在单位及主要承担单位科研管理部门派人参加。研究计划执行中期的检查、评议，应邀请原评审论证专家或学科评审组有关专家参加。
