二十三、第二十九条和第三十条合并作为第二十六条，修改为：“种子生产、经营者应当建立种子质量检验制度。生产、经营的商品种子应当达到国家或省规定的种用标准，不得掺杂掺假，以次充好。”
二十四、增加一章作为第七章，即“种子行政管理”。
二十五、增加一条，作为第二十七条：“农业行政主管部门行使下列职权：
(一)对生产、经营、贮运种子的场所进行现场检查；
(二)向被检查的生产者、经营者、贮运者询问有关情况，并要求其提供有关材料；
(三)对涉嫌违法的单位和个人，可以查阅、复制其生产、经营、贮运种子有关的合同、协议、单据、账簿、业务函电和其他资料；
(四)依法先行登记保存涉嫌违法生产、经营、贮运的种子，应在7日内作出处理决定。对需要检验的种子，应当在20日内作出处理决定。
“农业行政主管部门不得擅自公开和泄露被检查者的商业秘密。”
二十六、增加一条，作为第二十九条：“种子管理机构与生产经营单位在人员和财务上必须分开。种子管理工作经费同级财政应给予保障。”
“农业行政主管部门、种子管理机构及其工作人员不得参与和从事种子生产、经营活动；种子生产经营单位不得参与和从事种子行政管理工作。”
二十七、增加一条，作为第三十条：“县以上人民政府农业行政主管部门应当为种子生产者、经营者、使用者提供信息、咨询、培训、良种良法技术等服务，建立健全种子违法行为举报奖励制度，及时查处违法行为，依法维护当事人的合法权益。”
二十八、第三十五条、第三十六条、第三十七条、第三十八条、第四十条、第四十一条、第四十二条合并，作为第三十一条，修改为：“违反本条例规定的行为，
《种子法》等法律、法规规定给予处罚的，按照其规定给予处罚。”
二十九、增加一条，作为第三十二条：“违反本条例第二十三条规定，未经发布地县以上人民政府农业行政主管部门审查通过发布广告的，由工商行政管理部门责令负有责任的广告主、广告经营者、广告发布者停止发布，没收广告费用，并对广告主处广告费用1倍以上5倍以下的罚款。”
