用于弥补医疗成本的资金总额，根据各医院当前的医疗收入、离退休人员经费(由财政补助收入的)减去其相应的医疗支出后的余额确定。返还给医院的具体金额，可根据不同类型医院的平均医疗收支亏损率，结合卫生行政部门对医院综合业务评价考核情况予以核定。考核的主要依据是医院会计报表和相关资料。考核的主要内容是医院药品收入占业务收入的比重、平均门诊人次费用、平均住院床日费用等。各级卫生行政部门对医院的药品收支结余返还金额的计算，采用“医疗收入比例返还法”。
用于医院发展建设的资金实行项目管理，要按照当地区域卫生规划的要求，充分考虑区域内不同类别、级别医院的功能、学科发展和技术进步等因素，通过项目立项论证等与财政专项补助统筹安排。
用于社区卫生服务和预防保健事业的资金按不超过弥补医疗成本后的药品收支结余的10％提取使用，并实行项目管理。
六、医院药品收支结余暂实行半年上交一次，以后逐步过渡到按季上交。上交时间分别为7月10日至20日和次年的1月10日至20日。弥补医疗成本资金的返还时间，分别为7月20日和次年的1月20日后的二十个工作日内。用于医院发展建设的资金一次核定，根据项目情况一次或按进度分次核拨。用于社区卫生服务、预防保健的资金，根据需要和资金情况合理安排。
七、医院药品收支结余按照医院的财务隶属关系和属地管理相结合的原则进行管理。自治区卫生厅、财政厅具体负责卫生厅直属医院和新疆医科大学各附属医院的药品收支两条线管理。
工业及其他部门的医院，以及军队、武警医院对社会开放部分的药品收支结余的管理办法，由各有关部门研究后另行制定。新疆生产建设兵团医院药品收支两条线管理办法，由兵团自行制定。
八、有关药品收支结余的帐务处理。医院上交药品收支结余时，借记“借余分配——待分配结余”科目，贷记“银行存款”科目。收到返还款时，按用途分别核算：用于弥补医疗成本的，借记“银行存款”科目，贷记“结余分配——待分配结余”科目；用于医院发展建设的，借记“银行存款”科目，贷记“专用基金”科目。
九、医院必须按规定的时间上交药品收支结余资金，逾期不交的按违反财政纪律论处。药品收支结余资金应当全部用于卫生事业，专款专用，任何部门不得以任何理由截留或挪作他用，也不得抵顶和减少预算拨款。各级卫生、财政部门应当按规定及时返还、划拨药品收支结余资金，无故拖延返还时间的，应追究有关人员的责任。
