根据上述职责，省煤炭工业局设7个职能处(室)。
(一)办公室
综合协调局机关政务工作，负责文秘、机要、保密、档案、信访、保卫、外事、接待工作；负责政策法规、信息宣传、通信联络等方面的工作。
(二)规划发展处
组织研究河南煤炭发展战略；编制河南煤炭工业发展长远规划和中、长期专项规划；综合平衡、协调与其他行业的关系；负责新、老矿区的总体规划的审查和行业的统计工作；编制煤炭行业科技发展规划，组织重大技术攻关，负责新技术、新工艺、新产品的鉴定、推广和技术改造工作；协同有关部门对施工企业的资质和工程质量进行监督管理；协调对外经济合作、技术交流、劳务输出等方面的工作。
(三)人事处(机关党委)
负责局机关及直属单位的人事劳动和机构编制管理工作；指导行业专业技术干部队伍建设；负责干部教育培训和职业技能鉴定及劳动保障工作；负责局机关和直属单位的党群工作；指导行业精神文明建设。
(四)行业管理处
研究拟定国有煤矿的生产技术政策、规程、标准，对省内煤矿实施日常的生产技术指导；负责煤矿生产调度和生产总量调控；负责全省煤炭资源的管理；拟定乡镇煤矿的发展规划，负责审查批办、整顿、关闭乡镇煤矿和生产许可证的年检工作；协同有关部门做好煤矿环境保护工作；负责国有煤矿爆破器材的管理工作。
(五)煤炭调运处
在国家宏观计划指导下，编制审批煤炭调运计划，协调产、运、需关系，研究煤炭运销市场信息，整顿煤炭经营秩序，负灾煤炭经营资格的审批、审查和管理，培育和发展煤炭市场，协同有关部门做好煤炭产品质量监督工作。
(六)安全管理处
贯彻矿山安全法规和煤矿安全规程，负责煤矿安全技措工程和“一通三防”工作；组织协调全省煤炭系统事故、灾害的抢险救护工作；协助有关部门调查处理重大伤亡事故。
(七)经济运行处(挂财务处牌子)
研究拟定全省煤炭工业经济结构调整的政策、措施；负责国有重点煤炭和直属单位仍财务管理；协调、推动国有煤炭企业兼并破产、扭亏增盈、债转股等项工作；负责国有资产管理工作；承担所属单位的内部审计工作；负责多种经营、第三产业、综合利用方面的规划指导、协调服务、信息管理等工作。
四、人员编制和领导职数
河南省煤炭工业局机关行政编制为55名。其中：局长1名，副局长3名，处级领导职数21名(含机关党委专职副书记)。
