进一步深化科研机构内部改革，建立现代科研院所制度。根据“开放、流动、竞争、协作”的要求，转变运行机制，增强其面向经济和社会发展、把握科技发展趋势的应变能力，提高科学管理水平，形成人尽其者、优秀人才脱颖而出的良好环境，建立不断增强创新能力的内在机制。
　　(一)完善政府部门对科研机构的管理。政府部门主要通过制定政策、规划，运用经济、法律、行政等手段，变直接管理为间接管理，进行协调服务和依法监督。要在完善院所长负责制的基础上健全院所长选聘制度，主管部门对院所长的任免要听取科技管理部门的意见，经科研机构职工代表大会讨论通过，并逐步实行面向社会公开招聘。
　　(二)进一步完善科技计划的管理。科技项目要适应我省经济发展需要，抓大促小，保证重点，突出成效。和级科技主管部门负责汇总、协调和管理科技计划和项目。在科技项目管理中引入竞争机制，逐步实行招标制度和项目责任制，建立对项目实施的监督和跟踪管理机制。
　　(三)建立科研机构绩效考评制度。根据新时期对科技工作的要求和不同层次技术工和的特点，制定科学、合理的科研机构评介指标体系，定期对和类科研机构进行全面综合评价，并公布考评结果。
　　(四)加快科研机构体制转型步伐。科研院所要在所有形式、运行机制和经营体制多方面进行改革，在转制过程中，科研机构可实行一所多制，以利于改革顺利、有地进行。在改革中，独立科研院所一部分成为行业技术开发研究中心，一部分进入企业或企业集团，有的转为科技型企业，有的可创办股份合作制企业。当前重点要进行股份合作制度改革，使更多的科研单位转变为科技型企业，进入市场，走上自我发展的道路。近期内，由省科委选择2－－3个直属单位进行股份合作制改革试点。地市属开发型科研机构要积极推行股份合作制改革。
　　(五)改革科研从事制度。引入竞争机制，推进班干部能上能政，通过公开选拔、选聘制、合同制等多种渠道，为优秀科技人者脱颖而出创造良好环境。实行合同制等有利于人员流动的人事管理机制，逐步精简科研单位内部机构和人员。充分发挥老、中、青科技人员的作用，积极选拔中青年科技人员在研究开发第一线担当重任，允许科研机构对难以发挥作用的人员向社会交流、实行内部待岗或一次性给予安置费退职等措施。
　　(六)进一步改革科技人员分配制度和科技奖励制度，使科技人员的分配与其工作水平、业绩和贡献挂钩。科研机构在核定的工资总额范围内，允许根据本单位的实际，将职务工资、津贴、奖金和其他和类津贴、补贴重新进行分配。可试行岗位工资与课题工资相结合的分配制度。对条件具备的科研机构，可实行工资总额与经济、社会效益挂钩，工资挂钩的浮动比例，在1：0.7的幅度以内实行；改革单位完成各项挂钩指标，按挂钩比例提取的效益工资，可计入成本；凡国家对事业单位调整工资、增加和类津贴、补贴，可按规定核入工资总额基数；工效挂钩单位的效益指标与工资总额基数，由同组财政、人事部会同有关部门制定下达。可以从成果转让净收入中提取不低于20％的数额，奖励成果发明者和在转化中做出重要贡献的人员。科研机构创办的股份合作制企业要把按劳分配和按生产要素分配结合起来，允许和鼓励资本、技术等生产要素参与收益分配，职工个人股比例可适当提高，主要经营决策人员参股限额可高于一般职工。建立科技人员业绩考试制度，拓宽奖励渠道，探索以知识产权、资产受益权等形式奖励有突出贡献人员的新型科技工作激励机制。

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