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实施国家基本药物制度是一项体制机制的重大创新，要根据国家、省部署要求，初步建立起配套衔接、有效运转的基本药物配备使用、供应保障和医保报销制度体系；改革基层医疗卫生机构经费补偿机制，完善政府投入补助政策；加快推进基层医疗卫生机构管理体制、人事制度、分配制度等配套改革。
（一）按照规定配备使用基本药物。国家规定的307种基本药物和省增补的216种药物为现阶段我市使用的基本药物，执行国家基本药物制度的相关政策规定。
实施基本药物制度的基层医疗卫生机构，自实施之日起，根据诊疗范围和服务功能，全部配备使用基本药物，按照规定合理使用，并按购进价格实行零差率销售。
（二）实行基本药物统一招标采购及配送。自实施国家基本药物制度之日至2010年12月30日为招标采购及配送工作的衔接过渡期。过渡期内，实施基本药物制度的基层医疗卫生机构，其所需基本药物仍按原招标采购和配送渠道进行配备；在省物价等部门确定的基本药物最高采购限价（含配送费用）内，基层医疗卫生机构参照原招标价格等，按进价实行零差率销售。实施国家基本药物制度的基层医疗卫生机构库存药物全部按原进价销售，取消药品加成。过渡期后，基本药物实行省级集中网上公开招标采购、统一定价、统一配送。
（三）提高基本药物的医保报销比例。制定基本药物的报销政策，将我市基本药物全部纳入基本医疗保障药品报销目录，报销比例明显高于非基本药物。属于城镇基本医疗保险甲类目录中的基本药物，全额纳入城镇基本医疗保险支付范围；属于城镇基本医疗保险乙类目录中的基本药物，纳入支付范围的比例不低于90%。基本药物全部纳入新农合药品报销目录，报销比例提高10%。
（四）完善以政府为主的多渠道补偿机制。实施基本药物制度后，各县区政府综合考虑取消药品加成和实行绩效工资等因素，在推进政府办基层医疗卫生机构人事分配制度等综合配套改革的同时，进一步完善以政府投入为主的多渠道筹资补偿机制。对政府举办的城市社区卫生服务中心（站）和乡镇卫生院等基层医疗卫生机构，政府负责按国家规定核定其收支范围与标准，核定其基本建设、设备购置、人员经费和其承担的公共卫生服务的业务经费，保障其正常运行。政府举办的基层医疗卫生机构运行成本，通过服务收费和政府补助等方式进行补偿，政府补助按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法核定。按照现行财政体制和政府卫生投入政策，基层医疗卫生机构的经费投入责任主要由县区政府承担，市以上财政给予适当补助。市级财政补助以全市2008年基层医疗卫生机构工资性新增支出、公用经费和一体化管理的村卫生室补贴为基数，扣除县区财政基本药物补助（按辖区人口人均15元）后，按30%的比例承担，与上级补助资金统筹使用。各县区对基层医疗卫生机构经费实行“收支两条线”管理，确保其正常运转。东营区东城街道办事处所辖服务人口补助由市财政承担。
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