此次专项清查工作自2010年6月开始至10月底结束，分四个阶段进行。
（一）启动布置阶段（7月1日-7月15日）。
按照上级统一部署，成立南昌市强农惠农资金专项清查工作领导小组，制订实施方案，统筹、指导、协调全市的强农惠农资金专项清查工作。领导小组下设办公室，办公室设在市财政局，具体负责专项清查日常组织协调工作。
各县区要相应成立本级强农惠农资金专项清查工作领导小组，结合本地实际制定具体方案，组织实施专项清查工作，并将领导小组成立情况和具体方案及时上报省级和市级领导小组办公室备案。
（二）自查自纠阶段（7月16日-7月31日）。
各县区和市直有关部门按照专项清查的范围、内容和要求开展自查自纠。
主要工作包括：一是梳理强农惠农资金项目。按照中央部级领导小组办公室统一设计的表格逐级填报。二是积极开展“回头看”。对以前检查发现的问题分类梳理，并逐项检查后续整改落实情况。对未及时纠正整改的问题，应采取切实行之有效的手段予以坚决纠正。三是认真排查解决新问题。从制度政策落实、项目申报审批、资金下达、拨付和使用等环节，对各项强农惠农资金使用管理情况进行全面检查。对发现的问题，能立即纠正的要立即纠正；对当前立即纠正有困难的问题要落实整改责任，制订详细整改计划，限期整改。四是健全完善制度。针对自查发现的问题，要深入分析原因，着眼于强农惠农政策的有效落实和强农惠农资金效益的最大发挥，着力健全监管机制，完善监管制度。
市涉农资金管理部门和县区自查自纠情况于7月31日前报市级领导小组办公室。
（三）重点检查阶段（8月1日-9月30日）。
8月1日-8月4日，市级领导小组办公室根据各县区、市直有关部门自查自纠情况，组织各县区进行交叉检查，同时，市里将派出督查组赴各县区进行重点督查。
8月5日-8月15日，迎接省级领导小组对我市强农惠农资金使用管理情况的重点检查。
8月16日-9月30日，迎接部级领导小组对我市强农惠农资金使用管理情况的重点检查。
（四）整改完善阶段（10月8日-10月30日）。
各县区、市直有关部门根据自查自纠情况和部级、省级、市级领导小组重点检查反馈情况，对存在的问题进行整改，及时总结，形成专项清查工作总结报告，于10月15日前报市级领导小组。市级领导小组在汇总各县区、市直有关部门情况，对专项清查工作进行总结，全面、客观评价当前强农惠农资金管理现状，总结我市专项清查工作的做法和成效，提出改进和加强强农惠农资金管理的合理化意见和建议。
五、工作要求
