增加一款，作为第二款：“对属于第十六条第一款规定情形的，水行政主管部门应在收到采砂申请书后20个工作日内作出是否予以批准的决定。予以批准的，发放河道采砂许可证；不予批准的，应书面通知申请人并说明理由。”
增加一款，作为第四款：“采砂船舶实行一船一证，其采砂许可证还应载明船名、船检证书编号。”
六、删去第二十条。
七、将第二十一条改为第二十二条，将第二款修改为：“区县（自治县）水行政主管部门，应当在每月10日前将上月的河道采砂审批发证情况和实施情况报告市水行政主管部门。”
八、将第二十二条改为第二十三条，增加一项，作为第四项：“（四）采砂船在对运砂船配载时，应当符合核定的载质量，严禁超载。”
将第四项调整为第十一条第五款。
九、将第二十三条改为第二十四条，将第一款修改为：“从事河道采砂的单位和个人应当向颁发河道采砂许可证的水行政主管部门缴纳河道砂石资源费。通过拍卖、招标、挂牌方式取得河道砂石开采权的，其河道砂石资源费为拍卖、招标或挂牌的成交金额。河道砂石资源费和河道砂石开采权出让金的具体征收、使用管理办法由市财政局、市物价局、市水利局按国家有关规定制定。”
十、将第二十五条改为第二十六条，增加一款，作为第二款：“违反本办法规定，采砂船为运砂船超额配载的，由水行政主管部门责令其整改，处以1万元以上3万元以下的罚款。”
十一、将第二十八条改为第二十九条，修改为：“违反河道采砂的有关规定被依法没收的非法采砂船舶，应当按照《
重庆市罚款和没收财物管理条例》的规定，交同级财政部门按规定处理。”
十二、将第三十一条改为第三十二条，修改为：“本办法所称市直管河段，指长江从鱼鳅浩至郭家沱河段、嘉陵江从磁器口至朝天门河段。当河势和水位发生较大变化时，市水行政主管部门可以重新确定市直管河段的范围，报市人民政府批准后向社会公布。”
