从2011年7月1日起，对政府举办的基层医疗卫生机构，全面实行收支两条线管理方式。基层医疗卫生机构的基本医疗服务等收入全额上缴县 （市、区）财政，机构开展基本医疗和公共卫生服务所需的经常性支出由政府核定安排，机构发展、人员培训、人才招聘、突发公共卫生事件处置、离退休费等专项经费按国家补偿政策予以补助。各级政府对建立基层医疗卫生机构补偿机制、保证基层医疗卫生机构正常运行和医务人员合理待遇水平负有直接责任，要在预算中足额安排并及时拨付应由本级财政负担的资金，认真落实调整后的医疗服务收费和医保政策，不断提高政府对基层医疗卫生机构的补偿水平。省财政要设立专项资金对各地基层医疗卫生机构补偿机制建设予以支持，加大对困难地区补助力度，保证基层医疗卫生机构收支两条线管理工作的顺利实施；不断完善以奖代补管理办法，鼓励各地积极推进基层医疗卫生机构实施基本药物制度和综合改革。
对服务能力已经超出基本医疗服务和公共卫生服务的基层医疗卫生机构，特别是一些服务人口较多、服务能力已经达到二级医院标准的乡镇卫生院，可将其转为公立医院，对其承担的公共卫生服务采取购买服务的方式进行补偿。对非政府举办的基层医疗卫生机构，主要通过政府购买服务等方式对其承担的公共卫生服务给予合理补助，具体补助办法另行规定。
二、管理原则
基层医疗卫生机构收支两条线管理实行 “核定收支、集中收付、专户核算、绩效考核、属地管理”的原则。
-核定收支。根据吉林省卫生资源配置标准和基层医疗卫生机构编制标准，进行基层医疗卫生机构资源配置和人事制度改革；根据新的职能定位，确定基层医疗卫生机构工作任务，明确经费补偿渠道，实行收支预算管理。
-集中收付。基层医疗卫生机构取得的医疗等收入全额上缴市县财政；基层医疗卫生机构开展基本医疗和公共卫生服务所需的经常性支出由市县财政核定安排，按时拨付基层医疗卫生机构。
-专户核算。基层医疗卫生机构设立 “收入汇缴户”和 “基本支出户”，对机构取得的各项收入和支出进行核算；财政部门通过 “公共卫生服务资金专户”对基层医疗卫生机构收支进行管理。
-绩效考核。根据国家和省相关政策对基层医疗卫生机构进行绩效考核，考核结果与资金安排和拨付挂钩，与绩效工资制度改革相结合，促进基层医疗卫生机构适当拉开收入差距，坚持多劳多得、优绩优酬，重点向关键岗位、业务骨干和做出突出贡献的工作人员倾斜。
