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根据上述职责，自治县农牧科技局（畜牧兽医局）设10个内设机构。
（一）办公室
综合协调局机关政务工作。负责文电、会务、机要、档案、保密、信访、政务公开、宣传、后勤服务等工作。
（二）财务股
编报部门预算、决算并组织执行；负责机关及所属单位的财务会计制度建设、资金管理与监督，以及绩效评价工作；管理局国有资产，完善财物领用制度；提出机关和所属事业单位财政性资金使用的建议并组织实施；负责机关和所属事业单位农业财政预算资金、专项资金、项目资金的管理与核算；指导和监督所属事业单位财务和政府采购管理工作；指导农业行业财务会计工作。
（三）人力资源股
负责机关及所属事业单位的机构编制、人事工资、干部教育培训等工作；拟订农业系统人才队伍建设规划，并会同有关部门指导实施；组织开展农业系列专业技术职务任职资格、农民技术职称评审推荐工作；参与农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作；承办农业行业职业技能鉴定、技工技术等级考核工作；负责老干、工、青、妇等工作。
（四）政策法规股
负责农业、畜牧、科技法律法规及政策的宣传、贯彻、普及；承担本局系统规范性文件合法性审查和备案；组织开展调查研究并提出农业农村政策意见和建议；承担行政复议、行政应诉、行政赔偿等工作，起草农业农村工作、农村经济与社会发展综合性文件；提出处理农村改革和发展重大问题的原则和措施的建议。
（五）项目股
拟订扶持农业农村经济发展中长期规划和年度计划并监督执行；拟订农业固定资产投资规模和方向、基地建设、技术改造等项目的规划、计划；引导农业资源合理配置，协调农业产业结构调整与综合平衡；提出农业项目立项建议，组织农业重点项目的编制、申报并跟踪监督实施；参与农业综合开发和基本农田建设项目管理有关工作；负责机关目标绩效管理。
（六）新农村建设股
组织起草新农村建设的政策和规范性文件；指导检查督促考核全县新农村建设工作；拟订有关社会主义新农村建设与农村社会事业发展及观光农业、乡村旅游中长期规划和年度计划并组织实施；承担全县新农村建设、乡村旅游综合协调和督查指导工作；组织开展新农村建设、乡村旅游试点、示范建设；参与农村社会事业发展、基层组织建设、精神文明建设和民主法制建设；承担县新农村领导小组日常管理工作。
（七）科技股
研究拟订全县科技发展战略和中长期规划；组织编制各项科技发展、开发计划；参与编制科学工程建设规划，管理高新技术重点新产品工作，组织申报、管理科学技术基金和科技型中小企业创新基金；负责科研机构设置与调整的审核、报批和科技统计工作；负责农村与社会发展科技攻关、年度项目的审查、申报与实施管理工作；指导农村重大科技产业示范和涉及人口、资源、环境、医药卫生、科技扶贫、科技兴县及可持续发展等方面的科技工作；编制科技扶贫计划，会同有关部门开展科技兴农工作；负责农业科技成果的验收、评审、申报和农业科技人员管理。
（八）知识产权股
负责专利执法工作，处理专利纠纷和查处冒充专利行为；为有关部门或当事人提供涉及专利的案件咨询、鉴定意见或技术判定；负责有关专利评估、质押、广告等经营活动的管理及出证工作；负责专利工作的对外合作与交流，负责专利统计工作；负责有关知识产权宣传、教育及培训工作；编制专利实施开发计划，组织实施专利技术开发、推广和应用，促进专利技术产业化；构建全县科技项目、科技成果、专利信息搜索、组织、管理系统；管理全县高新技术发展及产业化工作，研究拟订工业领域高新技术发展及产业化的方针、政策和发展规划；组织实施农牧业方面较大科技计划和科技创新工程；负责申报省级科技攻关项目并监督实施。
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