县、乡镇新型农村合作医疗管理委员会下设办公室（以下简称合管办），为新型农村合作医疗经办机构，负责辖区内新型农村合作医疗的业务管理和日常工作，其人员和工作经费纳入县政府年度财政预算。乡镇合管办接受县合管办的业务指导，办公地点设在乡镇卫生院。县级定点医疗机构设立新型农村合作医疗管理科，接受县合管办的业务指导。
第八条 县合管办的主要职责：
㈠认真贯彻落实新型农村合作医疗的有关政策，负责全县新型农村合作医疗的组织协调工作；
㈡制定相关配套管理措施；
㈢协助有关部门筹集、管理新型农村合作医疗基金；
㈣制定年度新型农村合作医疗工作方案，编制基金的预算和决算方案；
㈤监督医疗费用的核销工作；
㈥制作新型农村合作医疗有关卡、证、表、册；
㈦为新型农村合作医疗参与者提供咨询服务；
㈧负责对乡镇新型农村合作医疗管理人员进行培训和考核，对违反新型农村合作医疗规定的行为进行查处；
㈨建立健全新型农村合作医疗信息系统，及时收集、整理、分析、评价、上报新型农村合作医疗信息，做好新型农村合作医疗文书档案管理工作；
㈩负责新型农村合作医疗定点医疗机构的资格审查、确认，加强对定点医疗机构医疗服务质量和费用水平的审查和监管；
（十一）定期向县合管会报告工作，落实上级交办的其他任务。
第九条 县合管办派驻乡镇监督员职责：
㈠对乡镇合管办的业务工作进行监督和指导；
㈡协助乡镇合管办对医疗机构的医疗服务行为、参合农民就医行为等进行监督管理，负责所辖区域参合农民就医的转诊、大型检查等的审批工作，对乡镇合管办初审后的病历、处方、费用等进行二次审核；
㈢协助有关部门筹集、管理新型农村合作医疗基金，加强对所辖区域合作医疗基金收支、补偿情况、医药价格等公示情况进行监督管理；
㈣加强新型农村合作医疗政策宣传，为农民提供咨询服务，收集、上报合作医疗相关信息；
㈤对乡镇合管办和医务人员进行合作医疗相关知识培训和指导，对违反新型农村合作医疗规定的行为进行查处；
㈥定期向县合管办报告工作，落实上级交办的其他任务。
第十条 乡镇合管办的主要职责：
