（六）负责全市海洋环境与渔业水域生态环境保护工作。拟定全市海洋与渔业环境保护与整治规划，组织实施污染物排海标准和总量控制制度；依法负责防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作，协助有关部门做好防治陆源污染物和海岸建设项目对海洋污染损害的环境保护工作；管理海洋与渔业水域环境的调查、监测、监视和评价及渔业水域生态的环境保护工作；负责组织编报、调整海洋自然保护区和特别保护区；核准海洋工程项目和海岸工程的环境影响报告书。
（七）管理防止海洋灾害监测、预报网络等公益服务系统；发布本市海洋环境预报、海洋灾害警报和海洋环境通报；配合有关部门做好渔业海上搜救工作。
（八）根据国家规定对本市行使海洋监察、小型渔业船舶检验和渔政、渔港监督管理职能。
（九）负责海洋与渔业基础数据和信息管理工作。
（十）组织指导本系统工作人员的教育培训、队伍建设和有关海洋与渔业的科学研究、技术推广。
（十一）承办市政府和上级部门交办的工作。
三、内设机构
根据上述职责，市海洋与渔业局内设6个科级职能机构：
（一）办公室
起草和审核有关综合性文件和报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；制定机关内部的规章制度，负责机关日常行政管理工作；负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理和党群工作。财务管理职能按有关规定执行。
（二）海域和海岛管理科
负责全市海域使用和海岛管理工作；组织拟定并实施市海洋功能区划、海域使用规划和海岛保护与利用规划；承担市政府审批的海域使用项目的审核、海域使用权登记和海域使用权证书发放工作；负责组织海域使用论证管理工作；承担无居民海岛的保护与管理工作；管理海洋设施建造、海底工程和其他开发活动；参与组织海域勘界工作；负责海岸带、海岛资源登记和界定工作；负责海底电缆管道铺设管理。
（三）环境资源保护科
承担全市海洋与渔业水域环境与生态保护工作。组织海洋环境的调查、监测、监视和评价；拟定并监督实施海洋环境保护与整治规划；依法负责防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作，协助有关部门做好防治陆源污染物和海岸工程建设项目对海洋污染损害的环境工作；负责海洋生物多样性和海洋生态环境的保护，组织编报和调整海洋自然保护区和特别保护区；发布海洋环境状况公报、通报，指导海洋与渔业监测体系建设。
